الهيمنة الكاميرونية
بين عامي 1980 و 1990، تمكنت الكاميرون من الوصول إلى نهائي كأس الأمم الأفريقية ثلاث مرات متتالية، وفازت بالمسابقة مرتين في 1984 و 1988 وخسرت مرة واحدة بركلات الترجيح أمام مصر في نسخة 1986، وكان الفريق المهيمن الآخر خلال هذه الفترة هو الجزائر، إلى جانب ظهورهم القوي في كأس العالم 1982 و 1986، خسرت الدولة الواقعة في شمال إفريقيا في النهائي ضد مضيفة نيجيريا في بطولة 1980 مما سمح لنيجيريا بالحصول على أول بطولة لهم. بعد نسخة 1980، وصلت الجزائر إلى نصف نهائي كل نسخة باستثناء 1986 حتى فازت في نهاية المطاف بالبطولة عام 1990. وجاء لقب غانا الرابع في نسخة 1982 حيث تغلبت على البلد المضيف ليبيا في المباراة النهائية. انتهت المباراة بالتعادل 1–1 بعد 120 دقيقة وفازت غانا بركلات الترجيح.
عودة جنوب إفريقيا
في عام 1990، كانت كأس الأمم الأفريقية 1990 هي النسخة السابعة عشر من كأس الأمم الأفريقية. استضافتها الجزائر. تمامًا كما حدث في عام 1988، تم
تقسيم الفرق الثمانية إلى مجموعتين من أربعة فرق. فازت الجزائر بأول بطولة لها بعد فوزها على نيجيريا في النهائي 1–0. وخسرت نيجيريا مرة أخرى حيث خاضت ظهورها النهائي للمرة الثالثة في أربع بطولات وخسرت هذه المرة أمام مضيفة البطولة الجزائر. زادت كأس الأمم الأفريقية 1992 من عدد المشاركين في البطولة إلى 12 تم تقسيم الفرق إلى أربع مجموعات من ثلاثة فرق، مع تأهل أول فريقين من كل مجموعة إلى الربع النهائي. واختير لاعب الوسط الغاني عبيدي بيليه، الذي سجل ثلاثة أهداف كأفضل لاعب في البطولة بعد أن ساعدت مساهماته غانا في الوصول إلى النهائي. ومع ذلك، تم إيقافه عن تلك المباراة وخسرت غانا أمام ساحل العاج بركلات الترجيح التي شهدت 11 تسديدة لكل فريق لتحديد الفائز. سجلت ساحل العاج رقماً قياسياً للمنافسة بإبقاء كل من منافسيها بدون أهداف في المباريات الست للبطولة النهائية.
تم استخدام أسلوب المجموعات المكونة من 12 فريقًا مرة أخرى بعد عامين في نسخة 1994، حيث تعرضت تونس الدوبة المضيفة للإقصاء من الدور الأول. نيجيريا، التي تأهلت لتوها إلى نهائيات كأس العالم
للمرة الأولى في تاريخها، فازت على زامبيا في النهائي، التي تعرضت لكارثة قبل عام عندما توفي معظم فريقها الوطني في حادث تحطم طائرة أثناء سفرها للعب مباراة في تصفيات كأس العالم 1994. المهاجم النيجيري رشيدي يقيني، الذي قاد البطولة عام 1992 بأربعة أهداف، كرر لقب الهداف برصيد خمسة أهداف.
استضافت جنوب إفريقيا الدورة العشرين من المسابقة في عام 1996، مسجلة أول ظهور لها على الإطلاق بعد رفع حظر دام عقودًا مع نهاية الفصل العنصري في البلاد، والتي أعقبتها محاولة فاشلة للتأهل في عام 1994. تم توسيع المشاركين في النهائيات في نسخة 1996 إلى 16 منتخب، مقسمة إلى أربع مجموعات. ومع ذلك، كان العدد الفعلي للمنتخبات التي شاركت في النهائي 15 فريقًا فقط، حيث انسحبت نيجيريا من البطولة في اللحظة الأخيرة لأسباب سياسية. فازت جنوب أفريقيا بأول لقب لها على أرضها بعد فوزها على تونس في المباراة النهائية. وصل الجنوب أفريقيون إلى النهائي مرة أخرى بعد ذلك بعامين في نسخة 1998 المقامة في بوركينا فاسو، لكنهم لم يتمكنوا من الدفاع عن لقبهم، وخسروا أمام مصر التي فازت بالكأس الرابعة.